Struktur Organisasi LDII adalah sebagai berikut (klik pada gambar di bawah ini untuk memperbesar):


Keterangan:
* DPP = Dewan Pimpinan Pusat, berada di Jakarta.
* DPW = Dewan Pimpinan Wilayah, berada di 33 Provinsi di Indonesia.
* DPD = Dewan Pimpinan Daerah, berada di Kota atau Kabupaten dari tingkat DPW di atasnya.
* PC = Pimpinan Cabang, berada di Kecamatan dari tingkat DPD Kota/Kabupaten di atasnya.
* PAC = Pimpinan Anak Cabang, berada di Kelurahan dari tingkat PC di atasnya.